研制电子计算机可是一项浩大的工程，尤其在电子元器件超级落后的二十世纪初，基本上就是手工作坊，每一个电路都得亲自动手焊接。孙元起估计，没三五年功夫，这玩意儿肯定出不来
很明显，这种操作性和探索性兼备的工作，正中特斯拉的下怀，教主大人简直是乐此不疲。对于学校的青年学生，这也是难得的锻炼机会，好多人非常积极地参与其中。尤其是刘斌，完全把搭建电路看成是有趣的游戏。通过他，孙元起终于明白，为什么后世中学生总喜欢亲手焊一个收音机了。
尽管孙元起是电子计算机研究的始作俑者，但对于这种搭积木、搬运汉诺塔般的手工活，还是有心无力，只能避而远之，把更多精力投入到学部的初创工作中去。
由于孙元起之前曾亲手编写过一套从小学到大学的教材，对于教材审定、课程设计那是驾轻就熟。尤其是科学知识部分，不到一个月时间，就写出了方案，送到尚书荣庆的案头。荣庆对这些东西自然看不明白，不过知道它对于大清统治并无违碍之处，便轻松放行。麻烦的是国语知识部分。
中国自古至今的官场上，都是屁股决定脑袋。似乎一坐到那个位置上，随便写的几段话，都能变成“伟大精神”、“重要指示”；胡扯几句，都是风趣幽默，不管好笑与否，周围人都得配合着傻乐；脑袋一热，外行就能指挥内行，而且内行还得表现出佩服的神情。如今荣庆就是这样，从刑部尚书改任学部尚书之后，好像立马对新式教育内行了一样。
按照孙元起原先的计划，除了外语，分为语文、思想品德、作文三部分。这是后世常见的分法。荣庆拿到方案之后，终于发现一个可以大展身手的机会，捻起毛笔，便在圈圈点点。等孙元起拿到修改稿之后，几乎是欲哭无泪：
先说语文。荣尚书大笔一挥，改成了“读经”，下面还小字注明：“小学堂学生毕业，须能背诵《诗经》、《尚书》；中学堂毕业，须能背诵《孟子》及《春秋》三传之一种；至于高等学堂，在熟读三礼后，可泛滥于诗词歌赋之间矣。”对于孙元起提到的拼音，尚书大人尤其不满，全部用大笔杠掉之后，边上笔墨淋漓地写道：“《春秋》严夷夏之大防，《孟子》云未闻变于夷者也。吾人焉能改华夏之文字，从腊丁之字母乎？”
再说思想品德。荣尚书批道：“不妥不妥幼童入学，便当授以忠孝仁爱、修齐治平之道。而人伦道德之根本，在《孝经》《论语》二书。此课可改名为‘修身’。”
最后说作文。荣尚书的墨水好像不要钱，把原先的稿子涂了大半，在天头地脚上写道：“学生作文，总须知道起承转合、平仄押韵，故而作文课之内容，可分为古文、骈文、古诗、律诗等种，次第授习……”
照荣庆这么一改，该背的经书一本不少，该写的八股文、试帖诗只是改头换面，这新式学堂的教育和传统经学教育有啥两样？背诵些经典，孙元起倒不反对，可也不能《四书》《五经》一本不少吧
孙元起婉言劝说了几回，可荣尚书好比是茅坑里的石头——又臭又硬，独出己见，一意孤行。来回几次，除了删减一部分背诵内容之外，没有任何进展。孙元起只能让步，把汉语拼音方案作为选修内容，附在外语的后面，总算通过了荣尚书的审核。
本来以为自己的工作已经是最惨了，看到张元济、罗振玉他们来来回回的改动，孙元起终于明白什么叫“德不孤，必有邻”。比如，荣尚书坚持在新式学堂里，每当学期开始、结束以及每月的第一天，必须由校长、老师带领，跪拜孔子；每年皇太后、皇上、皇后、孔子的生日，老师学生也要磕头，行礼如仪。这和过去的教育，完全是换汤不换药管中窥豹，由此可知清廷以后的其他改革，估计也都是走走形式，敷衍一下舆情罢了
经过这次的教材审定，商务印书馆的外语、数学、物理、化学、地理、自然等教材全部中选，只有语文和思想品德需要大规模调整。不过按照荣庆的意思，编选倒也不难，无外乎把《四书》《五经》删删减减罢了。在这删减修改的过程中，孙元起免不了又要掺些私货进去。比如内容的选择，尽量避开论述忠君的段子，避开太佶屈聱牙的篇章；生僻字的注音，不用中国传统的反切，而是用汉语拼音。
不过，孙元起并没有为此而郁闷，因为在三月初的时候，薇拉为他生了一个千金，取名“孙念萱”。如今儿女双全，乐得找不着北，哪有时间替摇摇欲坠的清政府当心郁闷啊？
忙完学部这档子事儿，已经是1906年4月。由于去年没有去美国，孙元起心中有些牵挂。在自己和学校的起步之初，美国大学和友人就给了最大的帮助；而且在四五年的来回奔波，早已和和实验室同事结下了深厚的感情。如果自己就这么撒手而去不管不顾，无论从哪个角度来说，都过意不去。所以，打算请假两三个月，去美国和同事们交代一下以后的研究计划，也好安心留在国内，从事自己的教育和科研事业。可还没想好具体的出行安排，因为一道诏书的突然到来，计划彻底胎死腹中。
那是在四月底的一天，宫里来了太监，在学部找到正在干私活的孙元起。摆足架势之后，才拿出一卷圣旨，装模作样地念了起来。前面一大段骈四俪六的话，孙元起没听明白，可最后一句听得非常清楚：“用命尔以学部右侍郎衔署湖北提学使，封通奉大夫，馀如故。钦此”
孙元起稀里糊涂里谢过那个宣旨的太监，拿了圣旨来回看了几遍，也没看明白“湖北提学使”是个什么官职。在这个时候能给自己解惑的，那就只有廉子胡同里的叔祖父了。
顾不上部里的其他事务，匆忙出门。老大人似乎知道自己这时间会来，门房就站在道上张望，见了孙元起，连声说道：“老太爷大早上就念叨，说您今儿准来。小的还不信，结果这还没到晌午，您就到了。快屋里请”